Το Ηράκλειο βρίσκεται στα βόρεια παράλια της Κρήτης, έναντι της νησίδας Δίας, στο ίδιο ακριβώς σημείο που βρισκόταν κατά την αρχαιότητα το δυτικότερο από τα τρία επίνεια της Κνωσού που την περίοδο του μινωικού πολιτισμού είχε τη μεγαλύτερη συγκέντρωση πληθυσμού στην Κρήτη φέροντας ίδιο όνομα προς τιμή αρχαίου ιερού ναού του Ηρακλέους
